1- Nguyễn Vương Quật Khởi (Tây Sơn Mất Gia Định)
Sau cuộc bại trận tháng tư năm Ất tị (1785) tại Mỹ Tho cùng với quân Tiêm, Nguyễn Ánh chạy qua Vọng Các nương nhờ Quốc vương xứ này sau bao nhiêu phen đào vong qua các đảo Phú Quốc, Côn Lôn, Cổ Cốt, Panjang. Rồi Nguyễn Ánh gặp Giám mục Bá Đa Lộc cũng đi tị nạn tại một hòn đảo gần vịnh Komponsom. Vào tháng 2-1784, Giám mục bàn với Nguyễn vương nên cầu viện nước Pháp để gỡ nước cờ bí. Bấy giờ người Anh, người Hòa Lan, người Bồ Đào Nha cũng có ý giúp Nguyễn Vương, nhưng chúa Nguyễn đã theo lời Bá Đa Lộc. Cuối năm 1784 Giám mục mang Thế tử Cảnh xuống tàu đi Pondichéry (thuộc địa của Pháp ở Ấn Độ) để qua Pháp.
Sứ đoàn rời Pondichéry vào tháng 7-1786 và tháng hai năm sau đã bước chân lên đất nước Pháp. Giám mục đã hết lòng vận động giữa Pháp đình về việc giúp cho Nguyễn, điều này theo sự trình bày của Giám mục còn có lợi cho nước Pháp là chiếm được một thị trường quan trọng ở Á Châu, một đất dụng võ ở Viễn Đông và với Nam Hà, Pháp có thể ngăn cản bước tiến của người Anh ở địa phương này nếu hợp tác được với Tây Ban Nha đang làm chủ quần đảo Phi luật Tân, lại nữa giúp chúa Nguyễn sau này thành công thì việc truyền giáo cũng có nhiều tương lai ở xứ này.
Vua Louis XVI liền ký hiệp ước tại Versailles ngày 28-11-1787 thuận giúp Nguyễn Vương 4 chiến hạm, 1750 sĩ quan và binh sĩ có đủ súng đạn (Điều 2) Giám mục thay mặt Nguyễn Vương nhận quyền sở hữu về cửa Hàn (Tourane) và đảo Côn Lôn sẽ thuộc cả Việt lẫn Pháp (Điều 5), nước Pháp được độc quyền thương mại trên khắp lĩnh thổ của Nguyễn Vương (Điều 4). Người Pháp được tự do đi lại và trú ngụ ở nước Nam, còn người ngoại quốc nào muốn nhập cảnh ở đây thì phải có sự chấp nhận trước của nước Pháp. Việt và Pháp lại tương trợ về quân sự mỗi khi hữu sự (Điều 8 và9).
Trong khi Giám mục hoạt động ở Pháp thì Nguyễn Vương còn nương náu trên đất Tiêm đã giúp vua Tiêm đánh quân Miến Điện và Mã Lai vào cướp phá xứ này Nguyễn Vương được tin anh em Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ lủng củng với nhau và quân của Nhạc ở Gia Định đã rút nhiều về Qui Nhơn, Nguyễn Vương liền cho người bí mật đến Hà Tiên cổ võ nhân tâm và tổ chức binh đội. Rồi Nguyễn Vương phải trốn về Nam Việt vào một buổi tối, sợ vua Tiêm giữ lại.
Tháng 7 năm Đinh Vị (1787) quân Nguyễn đánh vào Long Xuyên có kết quả. Nguyễn Vương mạo một bức thơ để Nguyễn Lữ hiểu lầm thái độ của viên Trấn thủ Sài Côn là Phạm Văn Tham, lợi dụng sự nghi ngờ của tướng Tây Sơn, Nguyễn Vương chiếm Sa Đéc, Vĩnh Long rồi đóng quân ở Mỹ Tho dùng nơi này làm căn cứ.
Ngày 7- 9-1788 Nguyễn-Vương đánh được Gia Định đuổi được tướng Phạm Văn Tham đang quyết tử giữ thành này. Từ giờ này trở về sau thành Gia Định nằm mãi mãi trong tay họ Nguyễn.
Nguyễn Vương liền thi hành ngay ở đây chính sách định quốc an dân. Việc cờ bạc,đàng điếm, mê tín nhảm nhí đều cấm ngặt. các ngạch thuế khóa được đặt ra để lấy tiền nuôi quân đội và việc khẩn hoang, trồng trọt được thúc đẩy rất là mạnh mẽ. Mười hai Điền Tuấn quan trong đó có Trịnh Hoài Đức, Ngô Tòng Chu, Lê Quang Định được cử ra để dạy bảo dân làm ăn cầy cấy. Thuế ruộng nộp bằng thóc. Ruộng đồng bằng nộp 100 cơ (mỗi cơ là 42 bát), ruộng đồi núi nộp 70 cơ trở lên. Binh sĩ cũng như phủ binh nộp đủ thì miễn cho một năm tạp dịch. Nhà nước cấp trâu bò và nông cụ cho ai quá nghèo rồi các thứ này được trả bằng thóc vào ngày mùa. Nguyễn Vương còn tổ chức các đồn điền ở những vùng cao nguyên. Khai khẩn ở đây là những đội gồm quân lính và dân chúng gọi là đồn điền đội, mỗi người phải nộp đồng niên 6 hộc thóc. Dân mộ được 10 người trở lên đi làm đồn điền thì cho làm cai trại và miễn sưu dịch. Nhờ có sự khôn khéo này Nam Kỳ xưa kia hoang vu dần dần trở nên trù phú, đông đảo và vui vẻ. Người ngoại quốc ra vào buôn bán tấp nập. Bấy giờ Nguyễn Vương chú ý rất nhiều đến việc mua các đồ đồng, sắt, gang, thép để làm quân khí và trả bằng ngũ cốc cùng đường cát.
Nguyễn Vương đang gặp may thì nhều người Pháp do Giám mục Bá Đa Lộc chiêu mộ đã tới giúp. Nguyên hiệp ước Versailler tuy đã ký nhưng Pháp đình còn giao cho Toàn Quyền De Conway ở Ấn Độ nghiên cứu lại. Tướng De Conway phần vì không ưa giám mục, phần thấy chính giới Pháp có ý rụt rè về việc xuất quân bởi kém cả khả năng tài chính, ông ta lại sợ trách nhiệm nữa nên đã bác bỏ hiệp ước kể trên. Giám mục không còn cách nào khác hơn là xuất tài lực riêng của mình ra để chiêu binh, mộ tướng cho họ Nguyễn.
Tháng 9-1788, các tàu Dryade, Garonne, Đại úy Cook và Moyse mang nhiều vũ khí đến Sài Côn và một số võ quan Pháp là: Olivier, Dayot, Vannier, Laurent Barizy, de Forsans phần nhiều sở trường về hải quân và tổ chức các ngành quân đội theo lối Âu châu. Xét ra Giám mục đã đóng vai trò một Bộ trưởng Chiến tranh và Ngoại giao rất đắc lực cho Nguyễn Vương.
Từ giai đoạn này quân Gia Định mỗi ngày một mạnh bởi được chỉnh bị và cải tổ theo Tây phương về chiến thuật cũng như về chiến lược.
Tháng 3 năm Quí Sửu (1793) thế tử Cảnh được lập làm "Đông Cung" lãnh chức coi Tả quân danh.
2- Nguyễn Vương Tấn Công Vào Qui Nhơn Lần Thứ Nhất
Được Gia Định làm căn cứ có đủ thóc gạo nuôi quân, ngay năm sau là năm Canh Tuất, vào tháng tư (1790) vương cho Lê Văn Câu là Chưởng Tiền Quân đem 5000 quân thủy bộ ra đánh thành Bình Thuận. Võ Tánh và Nguyễn Văn Thành về Gia Định. Lê Văn Câu ở lại giữ Phan Rí. Sau việc thất bại này Câu bị lột hết chức tước, lấy làm xấu hổ nên uống thuốc độc mà chết.
Những việc xuất quân của Gia Định trên đây xét ra không lợi. Bấy giờ là tháng 7, gió Bắc thổi mạnh phải đợi gió thuận thủy quân mới đi đánh nhau được. Cuối mùa Xuân năm Nhâm Tí (1792) quân Gia Định, do các tướng Nguyễn Văn Trương, Nguyễn Văn Thành, Dayot, Vannier đem các chiến hạm, chiến thuyền ra đánh thủy quân cuả Tây Sơn ở Thị Nại (cửa Qui Nhơn) rồi bỏ về.
Năm sau, Quý Sửu (1793) Thế tử Cảnh được chỉ định giữ Gia Định, Nguyễn Vương tự lĩnh thủy quân cùng bọn Nguyễn Văn Trương, Võ Tánh đánh vào Nha Trang, lấy hai phủ Diên Khánh và Bình Khang rồi tiến ra đánh phủ Phú Yên; trong khi này lục quân của Tôn Thất Hội, Nguyễn Huỳnh Đức và Nguyễn Văn Thành tấn công Phan Rí.
Thủy quân Gia Định toàn thắng, nhưng lục quân Gia Định chỉ hạ được phủ Bình Thuận mà thôi. Vương liền gọi bọn Thành tiến lên cùng hợp sức đánh Qui Nhơn. Trước thế mạnh của Gia Định, tại Thị Nại, Nguyễn Nhạc sai Thái tử Nguyễn Bảo ra cầm trợ. Vương cho Võ Tánh, Tôn Thất Hội, Nguyễn Văn Thành đánh tập hậu, quân Tây Sơn thua to phải chạy về giữ thành Qui Nhơn. Thành này bị quân Gia Định phong tỏa rất là nguy ngập.
Vua Thái Đức phải cho người ra Phú Xuân cầu cứu vua Cảnh Thịnh tức Nguyễn Quang Toản vừa lên kế vị Quang Trung (1792). Quân của Toản vào giải vây, Nguyễn Vương liệu sức chống không nổi viện quân liền rút hết binh sĩ về Diên Khánh (tức Khánh Hòa ngày nay) rồi trở lại Gia Định và giao cho Nguyễn Văn Thành giữ Diên Khánh, Nguyễn Hoàng Đức giữ Bình Thuận.
Bọn Phạm Công Hưng giải vây cho thành Qui Nhơn xong thì vào lấy hết kho tàng và ra mặt chiếm đóng thành khiến vua Thái Đức uất lên, hộc máu mà chết. (Nguyễn Nhạc làm vua được 16 năm).
Cảnh Thịnh phong cho Nguyễn Bảo tước Công, cấp lộc một huyện gọi là Tiểu triều rồi cử Lê Trung và Nguyễn Văn Huấn ở lại giữ Qui Nhơn. Tuy vậy Bảo vẫn giận và qua hàng Nguyễn Vương107.
Cuộc chiến tranh giữa Tân Nguyễn và Cựu Nguyễn vẫn tiếp tục. Quân Nguyễn tuy thường thắng trận nhưng vẫn không chiếm được Qui Nhơn. Năm 1797, vua Cảnh Thịnh đem nhiều lực lượng đến bảo vệ Qui Nhơn. Nguyễn Vương phải bỏ việc tấn công thành này rồi mang quân đánh lén cửa Hàn, phá được nhiều chiến thuyền của Tây Sơn rồi rút về Sài Côn.
Đầu 1798, Nguyễn Bảo đánh được vào Qui Nhơn báo tin cho Nguyễn Vương ra hợp sức, nhưng quân Nguyễn chưa ra kịp thì thành Qui Nhơn lại bị Phú Xuân tái chiếm và Bảo bị giết.
3- Qui Nhơn Thất Thủ Lần Thứ Hai Và Thứ Ba
Đầu năm Giáp Dần (1794) như ta đã thấy Tây Sơn cho tướng Nguyễn Văn Hưng đem bộ binh vào đánh Phú Yên, Trần Quang Diệu vây thành Diên Khánh. Đông Cung Cảnh phải cầu cứu về Gia Định. Đại binh của Nguyễn Vương ra giải vây được thì Diệu rút quân về. Võ Tánh ra thay Đông Cung Cảnh để giữ Diên Khánh.
Năm sau Diệu trở lại. Diên Khánh bị uy hiếp nặng nề, Nguyễn Vương lại đem thủy sư ra cứu. Lúc này giữa triều Tây Sơn, các đại thần bất hòa với nhau vì vua Cảnh Thịnh quá non nớt. Năm Ất Mão (1795) Thái sư Bùi Đắc Tuyên cho Ngô Văn Sở ra Bắc thay Võ Văn Dũng. Dũng về Phú Xuân đến trạm Hoàng Giang gặp Trung thư lịnh Trần Văn Kỷ phải tội bị đầy ra đây. Kỷ vốn được Dũng quý trọng đã xui Dũng về trừ Bùi Đắc Tuyên. Dũng nghe theo nên liền mưu với Phạm Công Hưng đem quân vây nhà Bùi Đắc Tuyên vào một đêm tối. Con Tuyên là Trụ đang ở Qui Nhơn cũng bị bắt nốt. Bọn Dũng còn lấy lệnh vua sai Tiết chế Nguyễn Quang Thùy giải Ngô Văn Sở về Phú Xuân. Những người này đều bị cáo làm phản và dìm xuống sông mà chết. Thế lực nhà Tây Sơn từ đấy sút kém hẳn.
Năm Đinh Tị (1797) đánh không được Qui Nhơn, Vương để Nguyễn Văn Thành và Đặng Trần Thường ở lại giữ Diên Khánh. Ảnh hưởng của Gia Định vẫn chưa ra khỏi địa phương này.
Năm Kỷ Vị (1799), Vương lại mang đại quân thủy bộ ra đánh Phú Yên, Qui Nhơn. Riêng thành Qui Nhơn cho đến bấy giờ rất là kiên cố, quân Nguyễn ra công mấy lần mà vẫn không lấy được. Năm ấy, Giám mục Bá Đa Lộc cùng Đông Cung Cảnh cầm đầu một đạo quân lớn đến bao vây phen nữa. Tháng tư Nguyễn Vương dẫn thủy quân đánh vào cửa Thị Nại. Hậu quân Võ Tánh và Hữu quân Nguyễn Huỳnh Đức đổ bộ lên đóng ở Trúc Khê. Tiền quân có Nguyễn Văn Thành ra đánh Phú Yên rồi được lệnh đi tiếp ứng cho Võ Tánh.
Ba đạo quân khác theo đường bộ, đạo thứ nhất có quân Lào hợp sức nhắm vào Thanh Hóa làm mục tiêu; đạo thứ nhì men theo bờ bể, đạo thứ ba đi con đường ngắn nhất đến Qui Nhơn, nối tiếp với các đạo quân đang đổ bộ. Các đồn Tây Sơn thuộc tiền tuyến bảo vệ thành Qui Nhơn bị mất dần vào tay các tướng Lê Văn Duyệt và Võ Tánh. Triều đình Phú Xuân cho Trần Quang Diệu và Vũ Văn Dũng đem binh vào cứu nhưng đến Quảng Ngãi thì Tây Sơn bị quân của Nguyễn Văn Thành ngăn lại ở Thạch Tân.
Đạo quân của Vũ Văn Dũng đến Chung Xá cũng ngừng lại, đêm tới có người trông thấy con nai trong rừng lạc ra liền reo lên: Con nai! Quân Tây Sơn nghe lầm ra là: Quân Đồng Nai! liền bỏ chạy vỡ tan hết, Quân Nguyễn cứ thế đuổi đánh.
Trấn thủ thành Qui Nhơn lâu không thấy viện binh của mình đến lương thực lại cạn sạch đành mở cửa ra hàng. Nguyễn Vương đổi tên Qui Nhơn ra Bình Định từ đó. Qui Nhơn bị mất, vua Cảnh Thịnh lại cho đại binh vào đóng ở Trà Khúc (Quảng Ngãi) tính đánh lấy lại Qui Nhơn nhưng vì trái mùa gió không dùng được thủy chiến phải rút về. Nguyễn Văn Giáp được lệnh ở lại Trà Khúc, Trần Quang Diệu và Vũ Văn Dũng giữ Quảng Nam.
Về phía quân Nguyễn, một phần rút về Gia Định, một phần lại giữ Bình Định. Thành này được đặt dưới quyền Phò mã Võ Tánh và Ngô Tùng Chu. Trong dịp này vì trải nhiều vất vả, gian lao lại thêm thủy thổ bất phục Giám mục Bá Đa Lộc bị bệnh lỵ mà chết tại Thị Nại ngày 9-10-1799. Xác người được đưa về mai táng rất trọng thể ở Tân Sơn Hòa (Gia Định) và Giám mục được truy tặng tước Thái Phó Bí Nhu Quận Công.
Tuy mất Qui Nhơn, Tây Sơn vẫn không thoái chí nên đần năm sau (1800) Trần Quang Diệu và Vũ Văn Dũng lại mang đại quân vào bao vây ở thành Qui Nhơn. Quang Diệu sai đắp lũy chung quanh thành, Văn Dũng đem hai chiếc tàu lớn và 100 chiến thuyền nhỏ ra đóng giữ cửa Thị Nại, đặt các hải đồn và đại bác quay ra mặt biển để phòng quân Nam ở ngoài khơi tiến vào. Trước một lực lượng quá hùng hậu lại do danh tướng chỉ huy, Võ Tánh cố thủ chờ quân Gia định ra tiếp sức. Lúc này Nguyễn Vương cử Nguyễn Văn Thành, Lê Chất, Nguyễn Đình Đắc, Trương Tiến Bảo lĩnh ba đạo quân đánh vào Phú Yên rồi kéo ra đóng ở Thị Dã (thuộc Bình Định). Còn Ngài dẫn thủy quân tính phá Thị Nại. Kế hoạch này không có thực hiện được vì quân thủy bộ không liên lạc được với nhau. Một năm qua, tháng Giêng năm Tân Dậu (1801) quân Nguyễn do Nguyễn Văn Trương, Tống Phúc Lương, Lê Văn Duyệt, Võ Duy Nguy lại tấn công cửa Thị Nại, đốt được nhiều tàu, thuyền của Tây Sơn, khiến Vũ Văn Dũng phải chạy về hợp sức với Trần Quang Diệu; vòng vây của quân Tây Sơn lại càng xiết chặt vào thành Bình Định, rồi Võ Tánh cùng Ngô Tùng Chu hết lương thực, quân nhu tự sát, Võ Tánh làm lầu bát giác, chất cỏ rơm và thuốc súng ở dưới và tự hỏa thiêu, Ngô Tùng Chu cũng không ham sống, tử tiết bằng chén thuốc độc.
Trần Quang Diệu vào Bình Định, chiếu theo lời khẩn cầu của Võ Tánh đã tha chết cho mọi phần tử quân dân trong thành và làm lễ mai táng rất trọng thể cho hai kẻ chiến sĩ biết nêu cao gương tiết liệt.
4- Phú Xuân Đổi Chủ (15-6-1801)
Trong khi thành Bình Định lâm vào tình thế tuyệt vọng, Nguyễn Vương đã gởi mật thư bảo Võ Tánh lén bỏ thành này thì trái lại Võ Tánh đã khuyên vương nên lợi dụng lúc đại quân của Tây Sơn bị cầm chân ở Bình Định mà đánh úp Phú Xuân, Nguyễn Vương nghe theo để Nguyễn Văn Thành ở lại chống nhau với Quang Diệu và Vũ Văn Dũng, còn ngài đem thủy sư đánh vào cửa Tư Dung. Thủy sư của Vương gồm có 6 chiếc tàu Âu Châu do Vannier, Chaigneau, Forsans và De Barisy chỉ huy với một đạo quân đổ bộ 15.000 người. Ngày 11-6-1801 quân Nguyễn chia ra làm hai cánh tiến vào cửa sông Hương vừa tầm súng đại bác trên hải đồn. Các tàu và các pháo thuyền lớn chặn ngay cửa Hữu; 45 chiến thuyền có mái chèo và 300 chiếc pháo thuyền nhỏ chặn ở cửa Đông. Thủy quân của Nguyễn bị hỏa lực của Tây Sơn đẩy lui. Vương hạ lệnh cho binh sĩ lên bộ ngay khi đạn của Tây Sơn bắn rất ráo riết. Phò mã Nguyễn Văn Trị xông ra tính bắt sống hết đám thủy quân này thì bị Lê Văn Duyệt và Lê Chất đánh bọc hậu. Trị mất hết liên lạc với căn cứ phải bỏ chạy nhưng chưa quá vài trăm thước đã bị bắt.
Ba giờ sau Nguyễn Vương đã đứng trước kinh đô Phú Xuân, và ngày 15-6 là hai hôm sau Vương mới chính thức nhập thành. Lúc này vua Cảnh Thịnh và một số cận thần chạy được ra Bắc. Lê Chất đem bộ binh đuổi theo. Sự thất bại của vua tôi nhà Tây Sơn (Cảnh Thịnh) đã chỗ vua thì nhỏ tuổi, các đại thần ghen ghét và tìm cách hại nhau, việc chính trị không ai ngó tới. Dân chúng trước tình trạng này mất cả tin tưởng và cảm tình, phần bị chiến tranh liên miên nên kiệt quệ mà sinh biến ở nhiều nơi, các tín đồ và đạo trưởng đạo Thiên Chúa cũng nổi lên; ở Thanh Hóa có Tù trưởng Mường là Hà Công Thái đánh phá, ở Nghệ An có tướng
Nguyễn là Nguyễn Văn Thụy và Lưu Phúc Tường đem quân Vạn Tượng sang khiến tình thế của Tây Sơn thêm bấn loạn.
5- Nguyễn Vương ra Bắc Hà
Đầu tháng 7-1801, vua Cảnh Thịnh đổi niên hiệu ra Bảo Hưng rồi truyền hịch đi các trấn lấy thêm binh sĩ. Em là Nguyễn Quang Thủy được cử vào giữ Nghệ An. Tháng 11, vua Cảnh Thịnh đem quân 4 trấn ngoài Bắc và quân Thanh, Nghệ cả thảy ngót 30.000 vượt sông Linh Giang, 100 chiến thuyền vào đóng ở cửa Nhật Lệ. Nữ tướng Bùi Thị Xuân, vợ Trần quang Diệu cũng đem 5000 quân đi theo.
Nguyễn Vương thân ra chỉ huy chiến cuộc, Chưởng Trung Quân Bình Tây đại tướng quân Nguyễn Văn Trương dẫn thủy quân ra giữ Linh Giang thấy quân Tây Sơn mạnh phải rút về Đồng Hới. Nguyễn Vương phải tới trợ chiến. Phạm Văn Nhân và Đặng Trần Thưởng giữ mặt bộ.
Tháng giêng năm Nhâm Tuất (1802), Nguyễn Quang Thủy tiến đánh lũy Trấn Ninh nhưng không có kết quả. Vua Cảnh Thịnh toan lui quân nhưng Bùi Thị Xuân thúc voi vào trận cương quyết tiếp chiến hùng dũng và gan dạ phi thường. Trận đánh diễn ra từ sáng đến tối chưa ngã ngũ bề nào thì có tin của thủy quân của Tây Sơn bị thua ở cửa Nhật Lệ, quân Tây Sơn liền mất ngay tinh thần. Vua Cảnh Thịnh bỏ chạy ra Bắc. Ngày 15-2-1802, Nguyễn Vương về Phú Xuân để Nguyễn Văn Trương giữ Đồng Hới và cho Lê Văn Duyệt vào đánh lấy lại Qui Nhơn. Trần Quang Diệu và Vũ Văn Dũng nghe quân mình bị bại ở Trấn Ninh, tháng 3 năm ấy bỏ thành Qui Nhơn rồi qua đường núi Ai Lao ra Bắc tính hội với vua Cảnh Thịnh.
Tháng 3 năm Nhâm Tuất (1802), Nguyễn Vương lên ngôi, đổi niên hiệu Cảnh Hưng ra Gia Long nguyên niên. Xét ra từ giờ phút ấy Vương khôi phục xong Phú Xuân, thâu lại được vùng Linh Giang vào đến Gia Định, thế là hoàn thành được sự nghiệp như ông cha thuở trước.
Giờ đây quân Nguyễn chỉ còn việc truy kích vua tôi nhà Tây Sơn. Bọn Trần Quang Diệu chạy ra Bắc đến châu Qui Hợp, xuống huyện Hương Sơn thì thấy Nghệ An đã mất cùng Bùi Thị Xuân liền chạy qua huyện Thanh Chương. Binh sĩ bấy giờ đã thất tán hết. Được ít lâu hai vợ chồng bị bắt. Vũ văn Dũng ra đến Nông Cống cũng bị một số phận như Diệu. Quân Nguyễn cứ rong ruổi ra Thanh Hóa, không còn gặp một sự kháng cự nào hết. Rồi đến lượt vua Tây Sơn cùng hai anh em là Quang Thùy, Quang Thiệu, Đô đốc Tú, Nguyễn Văn Tứ trốn tới huyện Phượng Nhỡn tỉnh Bắc Giang cũng bị bắt nốt.
Riêng Quang Thùy, vợ chồng Đô đốc Tú tự vẫn được. Các phạm nhân của Nguyễn Vương đều bị mang về làm lễ hiến phù ở đền Thái miếu vào tháng 7 năm Nhâm Tuất (1802) rồi bị lăng trì (tội nhân bị xẻo thịt, đây là một hình phạt dã man nhất của đời phong kiến). Còn vợ chồng Trần Quang Diệu cũng bị xử tử hình: bà Bùi Thị Xuân và con gái hãy còn nhỏ tuổi, bị voi giày, (theo sử Pháp). Diệu có lẽ bị chém, riêng mẹ già của Diệu đã 80 tuổi được tha, vì Diệu đã không sát hại quân dân thành Qui Nhơn theo lời yêu cầu của Võ Tánh trước khi tử tiết năm Tân Dậu (1801). Mả vua Thái Đức và Thái tổ Nguyễn Huệ cũng bị quật lên, thây bị vứt đi, còn đầu bỏ vào chum giam vào ngục tối. Bọn văn thần của nhà Tây Sơn như Ngô Thời Nhậm, Phan Huy Ích ra hàng bị nọc đánh trước nhà Văn Miếu (Bắc Thành) rồi tha về. Riêng Ngô Thời Nhậm bị Đặng Trần Thường có hiềm riêng cho đánh đến chết...
Nhà Tây Sơn khởi đầu từ năm Mậu Tuất (1778) đến năm Nhâm Tuất (1802) thì cáo chung, được tất cả 24 năm. Trong 24 năm nhà Tây Sơn không ngơi tay đánh Đông dẹp Bắc nên sự nghiệp về nội trị không được là bao nhiêu. Nhưng nếu vua Quang Trung không sớm mất thì nhà Tây Sơn không phải chỉ để một số công vĩ đại trên Lịch sử là đuổi quân xâm lăng nhà Thanh mà thôi. Ví con người lỗi lạc, thông minh giàu sáng kiến và đảm lược ấy sống thêm ít năm nữa thì chính tình nước ta và cục diện Đông Nam Á rất có thể thay đổi lớn. Mông Cổ vào làm vua đất Tàu, người Mãn ngự trị Hoa tộc, với Nguyễn Huệ chưa quá 7 ngày đã dẹp tan được 20 vạn quân Thanh, ai bảo rằng dân tộc Việt Nam sẽ chẳng có phần ăn nói trên lục địa của con cháu Hoàng đế. Tiếc rằng Thái Tổ qua đời, sau này con cháu bất tài, đại thần tướng lĩnh chia rẽ, nên triều đại Tây Sơn đã tàn tạ một cách bi thảm mở đường cho triều Nguyễn nổi lên được do sự giúp đỡ của Tây phương, nhưng nửa thế kỷ sau lại chìm đắm trong vòng lệ thuộc cũng do Tây phương mà ra.
Việt Sử Toàn Thư