Năm 1949, Bảo Đại trở về Việt Nam ngồi ghế Quốc trưởng, nhưng bà Nam Phương vẫn ở bên Pháp. Những ngày nghỉ lễ, bà Nam Phương thường đi dạo phố cùng các con để mua đồ chơi hoặc đi coi phim với Hoàng tử Bảo Thắng, Công chúa Phương Dung – hai người con nhỏ nhất. Tại Pháp, ban đầu bà Nam Phương ở lâu đài Thorenc tại Cannes. Ở đây, bà cho các con gái nhập học trường Couvent des Oiseaux, ngôi trường trước đó bà đã theo học tới khi về lấy chồng.
Cũng có những lúc Bảo Đại về Pháp, bà Nam Phương cùng đi với Bảo Đại tới sòng bài để xem ông chơi baccarat hoặc roulette cho vui. Những lần có bà cùng đi, nếu được bạc thì Bảo Đại tặng hết cho bà để sắm sửa quần áo. Hoàng hậu rất ưa thời trang của hãng Christian Dior và Balmin. Bà là một người sành điệu trong cách ăn mặc và màu tím nhạt là màu bà ưa thích nhất. Có lẽ vì cuộc đời của bà buồn nhiều hơn vui nên bà đã chọn màu tím chăng?
Hằng ngày, hoạt động của bà là chăm lo cho các con, đọc sách báo hoặc ra vườn trồng hoa, tỉa lá. Buổi tối bà thích chơi dương cầm cho các con nghe. Bà cũng là người ưa mỹ thuật. Trong phòng bà, người ta thấy treo những bức họa của Renoir, Buffet. Bà không thích tranh lập thể của Picasso vì tâm hồn bà không hợp với trường phái hội họa này cũng như trường phái siêu thực.
Bà rất thích nuôi chó. Trong nhà bà có cả một đàn chó, trong đó có một con thuộc giống Saint Berard, loại chó to như con cọp, chuyên dùng vào việc tìm người mất tích trong rừng khi đi trượt tuyết. Về thể thao bà có thể chơi bóng bàn, quần vợt và golf nhưng không giỏi lắm.
Sau năm 1955, Bảo Đại trở thành phế đế nên ông buồn bỏ nhà đi “giang hồ” và để bà Nam Phương ở nhà một mình với mấy người con. Khi đó các con bà đã lớn, mỗi người đi làm một nơi.
Những năm sau này, bà Nam Phương rời lâu đài Thorenc để về sống ở lâu đài Domain de la Perche ở Chabrignac thuộc vùng Trung Tây nước Pháp, cách Paris chừng 400-500 cây số. Nơi này có một trang trại lớn của riêng bà Nam Phương mà trước đây gia đình bà (ông bà Nguyễn Hữu Hào) đã mua cho. Nhà của bà ở cách biệt với những nhà dân ở vùng này, vì là làng quê nên mọi người ít có dịp giao thiệp với nhau.
Về đời sống vật chất thì bà Nam Phương không lúc nào thiếu thốn khi sống ở xứ người. Tài sản riêng do gia đình Nguyễn Hữu Hào mua cho bà gồm một chung cư lớn tại Neuilly và một chung cư ở đại lộ Opera. Ngoài ra bà còn nhiều nhà đất ở bên xứ Maroc, Congo… Tất cả những bất động sản này bà đã chia cho các con mỗi người một phần riêng và chỉ giữ lại trang trại ở Chabrignac, gồm 160 mẫu đất với một đàn bò gần trăm con và một vườn hồng lúc nào cũng nở hoa rất đẹp.
Những người dân ở gần nhà bà Nam Phương cho biết rất ít khi thấy Bảo Đại trở về đây thăm vợ con. Họa hoằn lắm một năm mới có 1-2 lần ông ghé về rồi lại đi ngay. Chỉ duy nhất trong dịp đám cưới Công chúa Phương Liên, ông có về để cùng bà Nam Phương đứng chủ hôn cho con gái rồi mấy ngày sau lại biến mất.
Thấy Bảo Đại đã có tuổi mà vẫn còn mải miết ăn chơi nên bà Nam Phương đã chọn một nơi yên tĩnh để sống những ngày cuối đời được thanh thản. Đã có lần bà ngỏ ý được trở về Việt Nam, để khi qua đời được an táng bên cạnh mộ thân sinh và thân mẫu ở Đà Lạt. Nhưng Bảo Đại và các con của bà phản đối không cho bà về.
Những năm cuối đời, bà Nam Phương ít đi ra ngoài và gặp gỡ mọi người. Cũng có đôi khi bà Nam Phương đi Paris để thăm các con đang học và làm ăn ở đó. Ngược lại, những dịp hè thì các con bà cũng về đây thăm mẹ và ở lại chơi ít ngày cho bà khỏi buồn. Thời gian này bà bị bệnh tim nặng, thường xuyên bị khó thở.
Vào khoảng 5 giờ chiều ngày 15/9/1963, bà Nam Phương cảm thấy mệt bèn cho người nhà đi mời bác sĩ đến thăm mạch. Sau khi chẩn khám, bác sĩ cho biết bà bị viêm họng nhẹ, chỉ uống thuốc vài hôm là khỏi. Nhưng không ngờ là bác sĩ vừa rời khỏi nhà chừng vài tiếng đồng hồ thì bà cảm thấy khó thở. Người hầu bà bèn nhờ một người Pháp hàng xóm đi mời một bác sĩ khác, nhưng người bác sĩ thứ hai chưa đến kịp thì bà Nam Phương đã qua đời ngay trong đêm đó khi vừa tròn 49 tuổi.
Lúc bà lâm chung, ngoài hai người giúp việc thì không có người ruột thịt nào bên cạnh. Các con bà lúc đó đang đi học hoặc làm việc tại Paris, còn Bảo Đại thì đang sống tại miền Nam nước Pháp.
Khi được tin bà Nam Phương tạ thế, Bảo Đại trở về ngay và đã mua một chiếc quan tài bằng gỗ sồi, loại gỗ quý giá nhất của người Pháp để an táng người vợ hiền thục, nhân từ và đạo đức mà cho tới tận cuối đời cũng không hề bị ai chê trách hay than phiền. Ngay cả ông Bảo Đại cũng chưa bao giờ dám trách vợ về việc trai gái, vì kể từ ngày ly thân với Bảo Đại, bà Nam Phương không có bất kỳ nhân tình nào, dù là đi khiêu vũ hay đi tắm biển với một người đàn ông khác cũng không. Có lẽ bà Nam Phương được sinh ra trong một gia đình nề nếp nên bà giữ đạo rất nghiêm khắc, ngay cả với các con.
Đám tang của bà Nam Phương được cử hành theo nghi thức đạo Công giáo và diễn ra rất đơn giản. Những người dự đám tang vỏn vẹn chỉ có Bảo Đại, các hoàng tử, công chúa và một số bạn bè thân thiết của gia đình. Tại địa phương có vị Tỉnh trưởng và dân biểu nơi bà Nam Phương cư ngụ tới chia buồn và dự tang lễ. Đặc biệt, trong tang lễ còn có có sự tham dự của Công chúa Như Lý, con gái của vua Hàm Nghi. Công chúa Như Lý cũng ở gần nơi bà Nam Phương cư ngụ, nhưng tiếc là hai người chưa từng gặp nhau lần nào cho đến khi bà Nam Phương qua đời.
Linh cữu của bà Nam Phương được an táng ngay nghĩa trang Công giáo tại Chabrignac. Trên mộ của bà có tấm bia ghi những dòng chữ: Ici Repose l’Imperatrice Nam Phuong Nee Jeanne Mariette Nguyen Huu Hao 14.11.1913 – 15.9.1963.
Và mặt sau bia mộ có viết dòng chữ Hán: “Đại Nam Nam Phương Hoàng hậu chi lăng.”
Nghe nói, trước đây mấy năm, mộ của bà Nam Phương đã bị kẻ lạ mặt lợi dụng đêm tối vào đào nhiều lỗ để tìm của cải vàng bạc châu báu xem bà có mang theo không. Và chúng có lấy được gì thì không ai biết rõ, chỉ có gia đình con, cháu bà mới biết mà thôi.
Thật buồn cho số phận bà Nam Phương, lúc trẻ thật hạnh phúc và sung sướng về vật chất cũng như danh vọng. Vậy mà cuối đời bà đã mất trong sự cô đơn lạnh lẽo nơi xứ người ở cái tuổi còn khá trẻ. Bà Nam Phương Hoàng hậu sinh năm 1913 và mất năm 1963, khi vừa được 49 tuổi, cái tuổi theo người Việt gọi là tuổi xui, như dân gian thường nói: “Bốn chín chưa qua năm ba đã tới.”
Tuy nhiên, với vẻ đẹp phúc hậu và tấm lòng nhân từ của mình, dù bà Nam Phương Hoàng hậu mất đã lâu nhưng những câu chuyện về cuộc đời của bà sẽ vẫn còn được người đời nhắc tới.
Trich sách Nam Phương - hoàng hậu cuối cùng của tác giả Lý Nhân Phan Thứ Lang